1988年6月20日，清城区人民检察院成立，为正科级建制。2019年检察系统进行内设机构改革后，清城区人民检察院有内设机构5个，包括办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部；派出机构2个，包括派驻东城街道检察室、派驻石角镇检察室。
